La ciudad lleva el nombre de Francisco Antonio Salcedo, quien luchó en la parte noroeste del país contra el ejército haitiano durante las batallas dominico-haitianas después de la independencia dominicana en 1844.

Es famoso por ser el lugar de nacimiento de las Hermanas Mirabal, heroínas que ofrendaron sus vidas en la lucha contra la dictadura de Rafael Leónidas Trujillo Molina. Existe un Museo en la sección de Conuco, en conmemoración a las tres hermanas que fueron asesinadas en la lucha por la libertad; fue creado por Bélgica Dedé Mirabal (hermana sobreviviente) quien se encargó de preservar la memoria de las llamadas “Mariposas” a través de la Fundación Hermanas Mirabal, fundada en 1994, en la casa donde las hermanas pasaron sus últimos meses de vida.

Con la creación de la provincia Espaillat, en 1885, Juana Núñez pasó a formar parte de esta nueva provincia. En 1891, su nombre fue cambiado de Juana Núñez a la actual, Salcedo.

Salcedo se hizo municipio en el año 1905 y, cuando la provincia Salcedo (hoy provincia Hermanas Mirabal) fue creada en 1952, la ciudad se convirtió en el municipio cabecera de la nueva provincia.